Дипломатските односи меѓу Република Северна Македонија и Јапонија се воспоставени на 1 март 1994г.
Билатерална договорна рамка:
Склучени договори предмет на ратификација
1. „Спогодба за репрограмирање со Јапонија“
- склучена во Скопје на 6 октомври 1997 година
- во сила од 3 април 1998 година
Договори во сила во согласност со спогодбата за сукцесија на договорите од поранешна СФРЈ
1. „Договор за трговија и пловидба меѓу ФНРЈ и Јапонија“
- 28 февруари 1959 година
2. „Спогодби склучени со размена на ноти за регулирање на одредени долгови на СФРЈ“ од:
- 30 јули 1966 година
- 28 септември 1968 година
- 14 јули 1972 година
- 20 март 1985 година
- 5 декември 1987 година
- 20 март 1987 година
- 11 септември 1987 година
- 1 март 1989 година
3. „Договор за укинување на сите видови на визи меѓу СФРЈ и Јапонија“ (за престој до 90 дена)
- потпишан на 15 мај 1967 година
- договорната сукцесија е потврдено со размена на ноти во 1997 година.
4. „Договор за културна соработка меѓу СФРЈ и Јапонија“
- потпишан на 15 март 1968 година.
5. „Договор меѓу Владата на СФРЈ и Владата на Јапонија за соработка во областа на науката и технологијата“
- 22 мај 1981 година
Договори и документи кои не подлежат на ратификација
1. „Спогодба за неповратна јапонска помош за надминување на економските тешкотии“ - непроектна помош (500 мил.јени)
- склучена со размена на ноти на 6 јуни 1995 година
2. „Спогодба за неповратна јапонска помош за надминување на економските тешкотии“ - непроектна помош (500 мил.јени) - за набавка на опрема за Хирушката клиника- Скопје
- склучена со размена на ноти на 5 Март 1997 година
3. „Спогодба за укинување на визи“
- склучена во Виена со размена на ноти на 7 март 1997 година
4.„Спогодба за уредување на договорната состојба“
- склучена со размена на ноти на 4. Февруари 1997 година
5. „Спогодба за неповратна јапонска помош за надминување на економските тешкотии“ - непроектна помош (500 мил.јени) - за Медицински центар Штип
- склучена со размена на ноти на 5 март 1998 година
6. „Спогодба за неповратна јапонска помош за зголемување на производство на храна“
- склучена со размена на ноти на 5 март 1998 година
7. „Спогодба за неповратна јапонска помош за надминување на економските тешкотии“ - непроектна помош (800 мил.јени) - за Медицински центар Битола
- склучена со размена на ноти на 4 јуни 1999 година
8. „Спогодба меѓу Министерството за земјоделие на РМ и Јапонскиот меѓународен систем за неповратна јапонска помош за зголемување на производството на храна“
- склучена со размена на ноти на 12 јули 1999 година
9. „Спогодба за неповратна јапонска помош за надминување на економските тешкотии“ - непроектна помош (300 мил.јени)
- склучена со размена на ноти на 5 март 2002 година
10. „Спогодба за неповратна јапонска помош за надминување на економските тешкотии“ - непроектна помош (300 мил.јени)
- склучена со размена на ноти на 30 јануари 2001 година
11. „Јапонски грант за Проектот за подобрување на медицинската опрема во Клиниката за пулмологија и алергологија -Скопје“
- потпишан со размена на ноти на 14.04. 2003 година
12. „Договор помеѓу Владата на Република Македонија и Владата на Јапонија за кредит од Јапонија за реализација на проектот “Басен Злетовица““
- склучен со размена на писма во Токио на 07.10.2003 година
13. „Договор за заем меѓу Владата на Република Македонија и Јапонската банка за меѓународна соработка за унапредување на водениот базен на реката Злетовица“
- склучен во Токио на 20.11.2003 година
14. „Договор помеѓу Министерството за здравство на РМ и SOJITZ Corporation Јапонија за проектот за подобрување на медицинската опрема за примарната здравствена заштита (Фаза II).“
- склучена на 30.06.2006 година
- во сила од 29.08.2007 (по верификација од страна на Владата на Јапонија)
* 6-те нотирани спогодби за неповратна јапонска помош за надминување на економските тешкотии - непроектна помош се изменети и дополнети со размена на писма на 22 јули 2013 (измените се извршени заради регулирање на трансферот на надлежноста за управување и располагање со средствата од јапонската непроектна повратна помош во Македонската банка за поддршка на развојот АД Скопје
15. „Меморандум за разбирање помеѓу Министерството за здравство на РМ и ЈR Општа Болница на Источната Јапонска Железничка Компанија со седиште во Токио , Јапонија“
- склучен во Токио на 29.10.2015 година
- стапил во сила согласно точка 7 од Меморандумот со даенот на потпишувањето односно на 29.10.2015 год.
16. „Меморандум за разбирање помеѓу Министерството за здравство на РМ и ken Iku Kai Medical Corporation Body од Јапонија (јапонската медицинска групација “Кен Ику Каи Медикал Груп“)“
- склучен во Токио на 30.09.2016 година
- стапил во сила согласно точка 5 од Меморандумот со денот на потпишувањето односно на 30.09.2016 год.
17. „Спогодба меѓу Владата на Република Македонија и Владата на Јапонија за техничка соработка во реализацијата на проект за воспоставување на служба за советодавни услуги за мали и средни претпријатија (преку Јапонската агенција за меѓународна соработка-ЈICA)“
- склучена со размена на ноти на 16 ноември 2016 година
- во сила со датумот на нотата од македонска страна-16 ноември 2016 г.
18. „Спогодба меѓу Владата на Република Македонија и Владата на Јапонија за техничка помош за спроведување на обуки во различни области, поддржан од Јапонската агенција за меѓународна соработка (“JICA“)“
- склучена со размена на ноти на 16 ноември 2016 година
- во сила со датумот на нотата од македонска страна-16 ноември 2016 г.
19. „Меморандум за разбирање меѓу Амбасадата на РМ во Токио и Јапонскиот институт за странски инвестиции (JOI)“
- потпишан на 15.3.2017 година во Токио
20. „Спогодба меѓу Владата на Република Македонија и Владата на Јапонија за реализација на проектот за изградба на капацитети за намалување на ризиците од катастрофи преку одржливо стопанисување со шумите- “Project on Capacity Building for Ecosystem-Based Disaster Risk Reduction trough Sustainable Forest Management in Macedonia”“
- склучена со размена на ноти на 12 април 2017 година
- во сила со датумот на нотата од македонска страна-12 април 2017 година
21. „Меморандум за соработка меѓу Универзитетот за информатички науки и технологии “Св.Апостол Павле“-Охрид и Универзитетот “СОКА“-Токио“
- потпишан во Токио на 13.4.2017 година